大海边上有个村庄，那里的人们靠种地为生，从不捕鱼。因为他们坚信着有海妖，而且据说千树子的姥爷就是被海妖卷走的。
这一年，村子里庄稼收成不好，千树子不顾海妖的传言下海了。幸运的是她捕到了一条鱼。
“请不要吃我。”鱼竟然开口说话了。千树子被吓了一大跳。
“我送你一件东西，你放我回海里吧。”鱼从嘴里吐出一颗鱼形状的种子，“取365滴海水，种下这棵树，以后你们家就不愁吃穿啦。”鱼说完，趁着千树子还没回过神来，溜出了渔网。
给姥姥的鱼没了，这可怎么办？千树子只好照着鱼的吩咐，在家门前的一块空地将树种下。
树长得可真快，转眼就成大树啦，结了一条一条鱼，还活蹦乱跳的。千树子真是惊呆了，摘下一条鱼一吃……哇，好香。吃下这些鱼的千树子和姥姥开心得不得了。真是一棵宝贝树呢。
就在那个晚上，千树子望着这棵树发呆的时候，一位少年从树干中走了出来。
千树子吃惊地问：“你是树妖吧？”
少年笑了笑，“我是人，我叫吉良。”
千树子更吃惊了：“那你怎么会在树里呢？”“这可就说来话长啦。”
原来，有一天吉良去海边钓鱼时，被钓到的一条鱼扯进海里……醒来的时候就在鱼肚子里了。
那里真是一个童话世界，贝壳和珊瑚（shān hú）都能说话和走路，小虾小鱼们也都穿着衣服……
最初吉良被迷住了，时间久了，吉良才慢慢回过神来，父母现在一定在四处找他，该多焦急啊！可怎么回去呢？
吉良抓到一只海马，“告诉我怎么才能离开这里？”海马感到很惊讶，它像刚醒过来一样。“啊，我在鱼肚子里！原来妈妈告诉我的是真的。来到这里的人都会一直沉睡在梦中，醒不来。”接着海马又说，“你去找一条胡子长到天上去的小丑鱼，请求它把你变成一颗鱼树的种子。如果有人把你变的种子种出来，你就会得救……”
吉良太高兴了，没等小海马说完，就去寻找胡子长到天上去的小丑鱼了……
就这样，吉良变成了一颗鱼树种子被千树子种了出来。可吉良发现，即便被种了出来，还是只能待在树里，跟在鱼肚子里没有什么分别。
千树子说：“我一定要找到救你的方法。”
说完，千树子就去寻找那条胡子长到天上去的小丑鱼。
千树子在海里游啊游，突然被一片银色的网给网住了，这时胡子长到天上去的小丑鱼竟出现在她面前。原来这网就是小丑鱼的胡子织成的。
千树子一刀割下小丑鱼的胡子。一道白光闪过，小丑鱼竟然变了模样。
居然是千树子的姥爷！原来姥爷变成了胡子长到天上去的小丑鱼，活在大海的梦中了。姥爷醒过来了，他认出了千树子，很激动……千树子说明来意后，他带着千树子去到海底的熔（róng）炉，把胡子丢进去，岩浆（jiāng）立马就凝固了，变成一块金光闪闪的刻着字的石头。可千树子看不懂。姥爷说：“带给吉良看，只有他能看懂。”
回到村庄，千树子把石头交给了吉良。
终于找到变回人的方法啦！吉良高兴地读了出来：“需要一个姑娘，剪一段头发，用珊瑚染色，埋在鱼树根下，咏唱大海的歌谣。”
千树子的邻居美慧子听到了，她一直知道吉良的存在。当天晚上，美惠子就偷偷地这样做了。
第二天早上千树子醒来，发现鱼树不见了。
姥爷走过来说：“吉良离开了，是美惠子救了他……鱼树的种子必须跟救他的人在一起，这是谁也无法挽回的事。”
千树子就像做了一场梦，她望着大海，用竹笛吹着曲子，眼角有泪水轻轻流淌。这曲子里有着说不尽的悲伤，随风飘远。