亿万年前大海深处的一只鱼，在自然进化中变为鱼鸟，然后又在地质灾难中变成了神农架崖壁上的活化石。经过了万年的风雨洗礼，鱼鸟醒来时已进化成了一只十头似冠的凤鸟。
　　刚刚苏醒的凤鸟误坠腾龙洞，命悬一线时，被仁爱的九色鹿所救。它们相伴林间，成了亲密的好伙伴。此后，因为人们的误解和贪婪，“十头凤鸟”被射下一头，成为了“九头妖鸟”，九头鸟不仅要洗刷自己的恶名与冤屈，而且要寻找智慧的人来统治九州，启迪民众。
　　在寻找智慧谷的过程中，九头鸟发现途经的一处地方大旱，为了拯救苍生，它飞翔于群山之巅，引来九州惊雷，滴血降露，拯救苍生，并戳穿了火神九眼犬的阴谋。火神逃走，心中不甘，又勾结了瘟神九尾狐，设计毒杀九头鸟。毒蝎三次过河的刺杀计划都被九头鸟机智化解。九尾狐心怀恨意，制造出一场瘟疫。在天地生灵面临浩劫时，九头鸟大智大勇，击败了九尾狐，赶走了瘟疫。九头鸟把自己的一双眼睛给了盲女小希，它的故事又感动了海蚌，海蚌的泪滴变为了九头鸟的珍珠眼。
　　生死浩劫后，人们重获安康，九头鸟和九色鹿又再次踏上了寻找智慧谷之路。